Los alimentos en general contienen agua en una proporción elevada. El agua está formada por moléculas polares. Esto quiere decir que podemos considerar las molécula de agua como una estructura con dos polos en cada extremos, uno positivo y el otro negativo.
Las microondas son ondas polares que tiran de los polos de las moléculas polares del agua forzándolas a alinearse, luego las ondas cambian de sentido y obligan a las moleculas de agua a alinearse en el sentido apuesto y esto se repite una y otra vez haciendo que las moleculas de agua giren y choquen entre si al moverse. El sentido en que las microondas tiran de las moléculas cambia 2450000000 veces por segundo. Esta interacción entre microondas y moléculas polares provocan el giro de éstas causando friccion entre ellas y generando calor.
Las microondas sin embargo no tienen ningún efecto sobre las moléculas apolares (sin polos), por ejemplo los plásticos. Tampoco ejercen efecto sobre sustancias polares en las que las partículas que las forman no tienen movilidad. En este grupo estaría el agua sólida, la sal común, la porcelana o el vidrio,
Una vez que las moléculas de agua presentes en los alimentos comienzan a girar, pueden transferir parte de esta energía mediante choques con las moléculas contiguas. Este mecanismo hará que por conducción todo el alimento acabe calentándose.
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